Existe disparidad entre aquellos municipios que se candidatean para obtener el sello sin haber implementado aún políticas de inclusión y aquellos municipios que llevan tiempo implementando este tipo de políticas públicas. Por lo tanto, es necesario hacer una distinción a la hora de brindar apoyo técnico. En el caso de los primeros, el sello actúa como una carta de navegación respecto de cómo partir. En el caso de los municipios con experiencia, el Sello Migrante debe actuar como un piso mínimo a considerar en la implementación de una política de integración .

También existe disparidad a la hora de evaluar la capacidad de los municipios, ya que las ciudades más grandes y con mayores recursos cuentan con mayor institucionalidad y recursos que otros municipios más pequeños y con menores capacidades. Este es el caso recogido por un estudio que compara la Municipalidad de Santiago, que tiene el Sello Migrante desde 2018, con la Municipalidad de San Miguel, ubicada en la Región Metropolitana de Santiago (obtuvo el Sello Migrante en 2021). La primera tiene mayor población y también mayores ingresos, por lo cual anualmente tiene la capacidad para atender 4.000 personas migrantes, mientras que la cobertura declarada por la Municipalidad de San Miguel fue de 500 personas migrantes. Asimismo, la oficina de Migrantes de la Municipalidad de Santiago cuenta con dos procesos estandarizados y certificados según Norma ISO 9001: 2015, lo que demuestra un compromiso significativo con respecto a la gestión hacia personas migrantes. La certificación de los procesos implica la entrega de servicios más eficaces, oportunos y pertinentes, con miras a mejorar especialmente el sistema de medición, e informan de un sistema establecido de cumplimiento de indicadores .

Para garantizar la imparcialidad y asegurar el cumplimiento de ciertos estándares de políticas públicas con un enfoque de derechos, inclusión y no discriminación, se creó un Comité Calificador, el cual tuvo un rol fundamental para evaluar el cumplimiento de los requisitos para obtener el Sello Migrante. El Comité Calificador está compuesto por miembros del equipo de Sello Migrante de la SNM, miembros de la sección de estudios del mismo Servicio, académicos, miembros de la Subsecretaría de Desarrollo Regional y Administrativo, y un organismo internacional en el rol de observador .